Trong Biệt Thự Bóng Tối, câu chuyện xoay quanh hai nhân vật chính là Kaito - một chàng trai trẻ mồ côi đầy bí ẩn và Seiji - một tỷ phú giàu có xinh đẹp nhưng lạnh lùng. Khi Kaito bước vào biệt thự của Seiji để giúp đỡ việc hãy giữ gìn, anh không ngờ rằng sự kiện lớn hơn đã chờ đợi anh.
Từ lần gặp đầu tiên, cả hai đã không hợp nhau. Thái độ lạnh lùng và khích bác của Seiji khiến Kaito đau lòng, nhưng sự tò mò cùng với một chút khẩn trương đã thúc đẩy Kaito đi sâu vào bí mật của căn biệt thự bóng tối này.
Khi cả hai cùng nhau khám phá ra những bí ẩn và quá khứ đen tối của Seiji, tình cảm bí mật dần nảy nở giữa họ. Kaito dần nhận ra rằng, bên dưới vẻ ngoài lạnh lùng, Seiji là một người đầy đau khổ và cần sự quan tâm, cần tình yêu. Truyện tranh không chỉ là việc mở ra bí mật của căn biệt thự, mà còn là hành trình tìm kiếm tình yêu và sự thứ tha giữa hai tâm hồn cô đơn, với những twist bất ngờ và tình tiết đầy kịch tính.
